Dass Ninjas schwarze Anzüge trugen, ist lediglich eine Fantasievorstellung der westlichen Populärkultur - wie das meiste, das wir über Ninjas zu wissen glauben.
Die Geschichte mit Go-Daigo war etwas komplizierter.
Dazu ein kleiner Exkurs zur Machtausübung in Japan: Im späten 8. Jhdt. übernahm nämlich die Fujiwara-Familie die eigentliche Macht, die die Kaiser kontrollierte, indem sie ihnen ihre Töchter zur Frau gaben und auch ihre Konkubinen auswählten. Ihren Einfluss verlor die Fujiwara-Familie erst im 11. Jhdt. Da wurde es üblich, dass der Kaiser, sobald er einen halbwüchsigen Sohn hatte, abdankte und für seinen Sohn die Regentschaft führte - bis dieser einen halbwüchsigen Sohn hatte und das gleiche tat. Somit lag die Macht nicht beim Kaiser, sondern beim Kaiservater. Aber auch das blieb nur bis ins späte 12. Jhdt. so. Die ersten Shogune gab es im 8. Jhdt., allerdings war das damals noch kein regelmäßiges Amt, sondern Shogune wurden von den Kaisern zur Bekämpfung konkreter äußerer Bedrohungen ernannt. ("Shogun" bedeutet "Reichsfeldherr zur Abwehr der Barbaren".) Erst 1192 etablierte die Minamoto-Familie nach langen Bürgerkriegen ein regelmäßiges Shogunat, das künftig statt dem Kaiservater die wahre Macht ausübte. Doch schon im 13. Jhdt. wurde es üblich, dass ein Angehöriger der Kaiserfamilie zum Shogun gemacht wurde. Die wahre Macht lag allerdings im 13. Jhdt. in den Händen der Hojo-Familie, die unter dem inoffiziellen Titel des "Shikken" regierte. Es gab also jetzt einen machtlosen Kaiser, einen machtlosen Kaiservater, einen machtlosen Shogun, und einen Shikken, der die Macht hatte.
Go-Daigo versuchte die Hojo und das von diesen kontrollierte Kamakura-Shogunat zu stürzen, was u. a. zur Erhebung eines Gegenkaisers führte. Go-Daigo verbündete sich mit der Ashikaga-Familie. Schließlich gelang es ihm tatsächlich, die Hojo zu stürzen. Sein Plan war es eigentlich, wie in der japanischen Frühzeit selbst zu regieren, aber damit scheiterte er: Die Ashikaga übernahmen das Shogunat und stellten bis ins 16. Jhdt. den Shogun. Dieser Machtkampf Kaiser-Ashikaga führte zu einer Spaltung der Dynastie in zwei rivalisierende Linien, nämlich den rechtmäßigen "Südhof" und den unrechtmäßigen "Nordhof", wobei sich letztlich der Nordhof durchsetzte und noch die heutigen Kaiser von ihm abstammen.
Dass Go-Daigo zugunsten seines Sohnes abdankte, war nichts Ungewöhnliches, sondern die Regel.