Mir sind jetzt keine Quellen bekannt, in denen die Eroberung einer Wasserburg beschrieben wäre. Wasserburgen sind i.d.R. solche, weil es sich aus geographischen Gründen als sinnvoll erweist, Wasser als Annäherungshindernis zu verwenden. Wie genau aber der Wassergraben beschaffen ist, oder welches die beste Methode, ihn zu überwinden, hängt von der Örtlichkeit selbst ab.
In der Regel ist eine Belagerung eine Frage der Geduld. Eine gut mit Lebensmitteln ausgestattete Burg bietet - außer Lagerkoller - keinen Grund für einen Ausfall, sofern der Belagerer nicht sehr aktiv ist und sich auf das Belagern beschränkt.
Was du mit toten Tieren nennst, kenne ich jetzt eigentlich nicht für den Dammbau - wäre ja auch unsinnig, sondern das würde eher dazu dienen, das Wasser ungenießbar zu machen. Das setzte aber voraus, dass der Brunnen aus dem Graben gespeist wird und das System grundsätzlich ein stehendes ist.
Das Wasser umzuleiten ist nur dann sinnvoll, wenn der Graben an ein Fließwassersystem angeschlossen ist und zügig Leerläufen würde. Bei den bekannten Wasserburgen des Münsterlandes würde das nicht funktionieren, die liegen eher in Gebieten mit sehr hohem Grundwasserspiegel... bei Pfalzgrafenstein, ach egal...
Im 17. Jahrhundert hat Bischof Bernhard von Galen („Bomben-Bernd“) mal versucht, seinen aufmüpfigen Bistumssitz, dessen Bürgerschaft ihm den Einlass verwehrte, zu fluten, indem er die Aa aufstauen ließ.
Also, wenn die Burg nicht aufgab, weil die Nahrungsmittel ausgingen oder in Scharmützeln während der Ausfälle der Burgbewohner die Belagerer die Oberhand behielten, waren im Prinzip Beschuss bis zur Sturmreife und Überbrückung des Grabens durch feste Materialien die Mittel der Wahl. Eine Unterminierung kam bei Niederungsburgen eher nicht in Frage.