Für mich stellt sich die Frage, wo all diese Menschen auf den relativ kleinen Schiff schliefen und "hausten"?
Auch wenn man für einen Matrossen NUR rund 3 Quadratmeter "Wohnraum" annimmt, würde ein gesamtes Deck für die Mannschaftsunterkunft benötigt.
In historischen Filmen werden häufig Hängematten gezeigt, die man abnehmen konnte.
Allerdings sind Hängematten nur in warmen Gefilden möglich, da Hängematten nicht sonderlich warm halten.
Um mal die Ausgangsfrage zu beantworten:
Vorweg: ich stecke weder im 17. Jahrhunder noch bei Piratens richtig tief drin. Deshalb habe ich mal einen Blick in den vor Jahren für nen Heiermann erstandenen Time Life Band "Die Piraten" geworfen. (Ich behalte die Dinger in erster Linie wegen der ganz ausgezeichneten Bildauswahl. Inhaltlich finde ich die aber auch erstaunlich solide.)
Da steht nun auf S. 44:
"Manchmal waren bis zu 250 Männer auf einem Schiff zusammengepfercht, dessen Länge selten mehr als 127 Fuß und dessen größte Breite kaum mehr als 40 Fuß betrug. Sie schliefen Seite an Seite auf dem Fußboden des Zwischendecks oder lagen, nach den Worten eines gefangengenommenen Kapitäns, 'dichtgepackt wie Hunde an Deck'."
Das deckt sich nun inhaltlich mit meinem Kenntnisstand, dass an Bord vor Einführung der Hängematte tatsächlich in der Regel irgendwo an Deck geschlafen wurde. Selbst gegen 1800 musste das Seeleuten in heißen Nächten verboten werden.
Nachdem bei der Royal Navy Hängematten eingeführt worden waren (das muss deutlich vor 1700 gewesen sein - ich such das jetzt aber nicht raus), standen regulär jedem Seemann ein 14 Zoll (35 cm) breiter Streifen für seine Hängematte zur Verfügung,. Auf See wurden daraus 70 cm, da im Zwei-Wachsystem ca. die Hälfte der Seeleute an Deck waren. Vor Anker und im Hafen wurde es dann entsprechend enger, insbesondere dann, wenn die Schiffsführung an Stelle von Landgang Besuch von "Ehefrauen" (im allerweitestmöglichen Sinne) erlaubte. Die Hängematten wurden in dem/den (Geschütz-)Deck(s) unterhalb des Oberdecks aufgehängt. Die Hängematten hingen da auch durchaus in zwei Lagen übereinander. Auf einem sehr bekannten Segelschiff der Deutschen Marine war und ist das z. B. der Fall. Wer sehen möchte, wie das aussah, möge sich die Anfangssequenz des sehr sehr gut recherchierten Filmes "Master and Commander" anschauen.
Im Gegensatz dazu war es auf Handelsschiffen, insbesondere des 19. und ggf. auch 18. Jahrhunderts, eher Usus, dass die einfachen Seeleute feste Kojen hatten. Da Handelsschiffe in der Regel weitaus kleinere Besatzungen hatten als Marineschiffe, a) konnte und b) musste man sich das platzmäßig leisten, da das Schiff ja auch Ladung stauen können musste. Hier war das Mannschaftslogis dann auch unter der Back (dem vorderen Aufbau des Schiffes).
Auf Grund der Körperwärme der Seeleute konnte es in einem Mannschaftsdeck durchaus recht warm werden. Klamm und zugig und oft genug schlichtweg nass war's trotzdem. Allerdings lag man auch nicht ohne alles in der Hängematte, sondern hatte Bettzeug - mit einer sorgfältigen Schiffsführung sogar zwei Sätze davon zwecks Lüften & Trocknen.
Aus eigener Erfahrung kann ich sagen, dass man in einer Hängematte auf See mindestens so gut schläft, wie in einer Koje - bei Seegang durchaus auch besser. An Deck zu schlafen wäre in jeder Hinsicht die schlechteste Wahl gewesen.
Die großen Mannschaftsdecks der Kriegsschiffe waren Schlaf-, Essens- und Aufenthaltsraum für die einfachen Seeleute, wie - falls vorhanden - für die gemeinen Seesoldaten.
Offiziere (sowohl commissioned als auch warrants) hatten eigene Kammern. Diese schliefen in der Regel in hängend angebrachten Kojen.
Bei Piratens wird das alles auch sehr abhängig davon gewesen sein, wie groß das Verhältnis Besatzung zu zur Verfügung stehendem Raum war und wie sehr die Schiffsführung (inklusive des Volkstribunen aka Quartiermeister (in der Time Life Übersetzung; im Original vermutlich der Quarter Master)) hier disziplinarisch einwirkten.