Ohne einen konkreten Grund zu kennen, einige mögliche Ursachen für Schwankungen der amtlichen Fläche des DR:
Der Küstenverlauf ist in konstantem Wandel (da können die noch so viel Sand nach Sylt karren). Wenn die Nordsee mal 5 - 10 Jahre arbeitet, kommen da so einige Quadratkilometerchen Land dazu und weg. Da allein aufgrund der Sicherheit des Seeverkehrs hier eine regelmäßige Aktualisierung der Vermessung erforderlich ist, dürften sich hier die Flächendaten quasi in Echtzeit (alle paar Jahre) aktualisiert haben.
1890 fiel die Insel Helgoland an das DR - das scheint aber tatsächlich im Flächenrauschen gem. Wiki unterzugehen.
Wie genau wusste man im DR eigentlich:
a) welche Flächen die einzelnen Bundesstaaten tatsächlich zum DR beigesteuert hatten? Ich würde bei gewissenhafter Beantwortung der Frage untersuchen, ob und nach welchen Methoden und Verfahren und nach welchem geodätischen System die einzelnen Bundesstaaten wann sich mit welcher Fläche ins DR meldeten;
b) wann genau war die Einbeziehung / Einmessung Elsass-Lothringens (analog auch Schleswig-Holsteins) ins DR beendet? Wann war der exakte Grenzverlauf - insbesondere zu Frankreich (und ggf. Luxemburg/Belgien) vertraglich festgelegt und eingemessen? Die Regelung "entlang des Vogesenhauptkamms" erscheint mir spontan nicht allzu eindeutig.
Womöglich haben die Schwankungen tatsächlich den profanen Hintergrund, dass die Ländereien des DR erstmal exakt(er) bzw. nachvermessen wurden. (Ggf. wurde erst während dieser Zeit die Flächenbemessungen von Nachbarstaaten, bzw. Preußen und Sachsen aufeinander abgestimmt.)
Was diese ganze Landvermesserei für Auswirkungen hatte, musste schon Ludwig der XIV. von Frankreich am eigenen Leibe spüren: Nachdem Cassini und Söhne in seinem Auftrag Frankreich neu vermessen hatten, war sein Land plötzlich um ein Fünftel geschrumpft. Und einmal, ein einziges Mal konnte er die Schuld dafür nicht den perfiden Albionesen anlasten:
"La surface du royaume se trouvant réduite d'un cinquième, Louis XIV se serait plu à dire qu'il était mal récompensé de la sollicitude qu'il portait à ses astronomes…" (Die Fläche des Königreichs war um ein Fünftel geschrumpft. Ludwig klagte dass seine Astronomen ihm sein Wohlwollen schlecht gedankt hätten...)
Cassini, l'Astronome du Roi et le satellite - La carte de France des Cassini