Ungeachtet der Blüte im Inneren, erwuchs seit dem Ende des 14. Jahrhunderts nun erstmals wieder eine Gefahr von außen. Nachdem die Türken 1350 Anatolien erobert und 1396 bei Nikopolis das Heer der Kreuzfahrer besiegt hatten, richtete sich ihr Auge auf das Königreich Ungarn und seine wohlhabende Ostprovinz. Der Reichtum des mittelalterlichen Siebenbürgens und seine Nähe zum Osmanischen Reich machten es ab dem 15. Jahrhundert zum Ziel dutzender Türkeneinfälle mit Brandschatzungen, Menschenraub, Mord und Verwüstung ganzer Landstriche. Um auf die wachsende Türkengefahr zu reagieren, schlossen sich 1437 Szekler, der ungarische Adel und die Sachsen zu einer Dreinationen-Union (Unio trium nationum) zusammen, um gemeinsam gegen die Türken vorzugehen. 1479 errang die Union einen großen Sieg auf dem Brodfeld bei Mühlbach im Unterwald (Siehe auch Schlacht auf dem Brodfeld).
Dennoch war die militärische Bedrohung allgegenwärtig. Die Plünderungszüge der osmanischen Reiterheere, die sich als sog. Renner und Brenner betätigten, waren wie ständige Nadelstiche. Die übliche Vorgehensweise war: kleinere berittene Scharen ohne jeden Tross drangen über Gebirgspfade schnell ins Landesinnere ein, setzten die Dörfer in Brand, raubten Vieh und Menschen und verschwanden wieder auf kürzestem Wege. An den Grenzen wurden die Gefangenen gegen hohes Lösegeld angeboten. Wer nicht freigekauft wurde kam in die Sklaverei. Gegen dieses Vorgehen bauten die Siebenbürger Sachsen die Kirchen in den Dörfern und Marktflecken zu Wehrbauten aus. Die Sakralbauten wurden mit Ringmauern und Wehrtürmen versehen und sollten so der Bevölkerung in Notsituationen Schutz und Zuflucht bieten. Teilweise wurden auch Wehranlagen von Adeligen gekauft und ausgebaut (so in Kelling). In einigen Orten entstanden auf günstig gelegenen Bergrücken auch große Bauernburgen (beispielsweise in Reps, Keisd, Michelsberg und Rosenau) oder strategisch geplante Passfestungen wie in Stolzenburg oder die Törzburg, welche die Kontrolle über wichtige Handels- bzw. Heeresstraßen sichern sollten. Die Städte wurden ebenfalls schwer befestigt und teilweise mit mehreren Verteidigungsringen versehen. Auf diese Weise entstand ein in Europa einmaliges Netz von befestigten Kirchenburgen und Städten.
Bei den großangelegten osmanischen Raubzügen allerdings waren auch diese Maßnahmen nur bedingt von Nutzen. Nur die großen Kirchenburgen und die Städte konnten einem richtigen Heer Widerstand leisten. So wurden regelmäßig zehntausende Gefangene (allein aus den Sieben Stühlen) weggeführt, d.h. in die Türkei verschleppt, was von der relativ kleinen Volksgruppe einen gewaltigen Blutzoll verlangte. Auf diese Weise wurden einige Ortschaften endgültig zu Wüstungen (bekannte Beispiele sind Underten und Fettendorf in Südsiebenbürgen), andere wurden auch, teilweise mehrfach, neu besiedelt. Die dafür nötigen Menschen waren teils sächsische Bewohner der Komitatsgüter (auch auf dem Boden ungarischer Adeliger befanden sich deutsche Siedlungen, die nicht das Recht des Goldenen Freibriefs besaßen), teils Szekler, die von Osten in den Repser Stuhl einrückten, oder Rumänen von außerhalb des Königsbodens. Die Verluste an Menschen waren im Brooser und Mühlbacher Stuhl besonders groß. Hier wurden in vielen Dörfern Sekundäransiedlungsrechte (eine Art Lizenz zur Ansiedlung in sächsischen Dörfern des Königsbodens) an Rumänen vergeben, da schlicht keine sächsische Bevölkerung mehr vorhanden war, um die Lücken zu füllen. Im Brooser Stuhl war bei einem türkischen Plünderungszug Anfang des 15. Jahrhunderts sogar fast die gesamte Bevölkerung auf einen Schlag weggeführt worden, so dass die Orte dort für Jahre wüst blieben. Ähnliches geschah mit der Stadt Mühlbach mehrere Male.
Auf ein territoriales Einverleiben Siebenbürgens verzichteten die Türken. Im Jahr 1529 erreichten die Osmanen Wien (siehe Erste Türkenbelagerung) und verwüsteten auf ihrem Zug ganz Ungarn. Danach zerfiel das Ungarische Reich in drei Teile. Der Westteil ging an Habsburg. Das restliche Ungarn wurde 150 Jahre von den Türken beherrscht. Siebenbürgen blieb zwar ein selbstständiges Fürstentum unter osmanischer Oberhoheit, war jedoch tributpflichtig. Dessen ungeachtet, verheerten die türkischen Überfälle und Plünderungen bis zum Beginn des 18. Jahrhunderts regelmäßig das Land.