Krankheiten können sich relativ schnell entwickeln und brauchen keine Jahrtausende. Die Masern, die schätzungsweise für 25% der Opfer unter den Amerikanern verantwortlich war, war in der Antike wohl unbekannt und taucht erst um 800/900 auf.
So genau weiß man das nicht, seit wann es Masern gibt. Sie sind auch ein (Außenseiter-) Kandidat für den Erreger der Antoninischen Pest. Bei historischen Berichten über Krankheiten ist es oft sehr schwer sicher festzustellen, um welche Krankheit es sich tatsächlich gehandelt hat. Genetische Untersuchungen deuten darauf hin, dass die Masern im 6. Jahrhundert v. Chr. entstanden sein könnten.
Die Pocken sind vermutlich etwa 12.000 Jahre alt.
Für viele Viruserkrankungen wie Gelbfieber, Dengue oder Zika ist die Gelbfiebermücke (Aedes aegypti) der hauptsächliche Überträger. Laut deutscher Wikipedia ist diese Mücke speziell an den Menschen angepasst und bevorzugt diesen als Wirt. Das sind dann natürlich bessere Bedingungen für die Entstehung von Krankheiten, die sich innerhalb der menschlichen Populationen ausbreiten können, als wenn der Mensch nur seltener Wirt einer Mückenart ist. Dann können sich Menschen immer wieder mal mit in Tieren zirkulierenden Krankheiten infizieren, aber die Wahrscheinlichkeit für eigenständige Infektionsketten innerhalb der menschlichen Populationen und damit die Entstehung einer speziell an den Menschen angepassten Krankheit ist deutlich geringer.
Eine vergleichbare an den Menschen angepasste Mücke gab es vermutlich in Amerika bis zur Verbreitung der Gelbfiebermücke nicht, weil die Zeit für die Evolution einer solchen Mücke nicht ausreichte.
Es ist letzten Endes auch eine Sache der Wahrscheinlichkeit. Eine Krankheit wie Masern, Pocken oder Gelbfieber hätte vermutlich auch auf dem amerikanischen Doppelkontinent entstehen können.
Die Wahrscheinlichkeit dafür war aber aufgrund der kurzen zur Verfügung stehenden Zeit und den anderen genannten Gründen, wie weniger Haustiere, deutlich geringer.
Ein weiterer Punkt ist vielleicht auch noch, dass es in Amerika wohl weniger etablierte überregionale Handelsrouten als in der Alten Welt gab. Dadurch war auch die Wahrscheinlichkeit geringer, dass sich entstehende Krankheiten überregional ausbreiten, bevor sie (im Menschen) wieder aussterben.