Lieber Heinz,
mir ist nicht recht klar, was mit "mittlerer Steinzeit" gemeint sein soll. Die japanische Chronologie sieht etwas anders aus als die europäische; hier lautet die Abfolge:
Paläolithikum - Jomon - Yayoi.
(Da ich mir das neueste "G/Geschichte" gekauft habe, weiß ich, woher Du den Ausdruck hast. Leider werden dort recht dubiose Hypothesen feilgeboten, z. B. die Gleichsetzung Jomon = Emishi = Ainu.)
Was immer damit gemeint sein soll: Weder im Paläolithikum noch in der Jomon-Zeit hat es Mongolen und Malaien gegeben, also können diese nicht gut nach Japan eingewandert sein.
Auf jeden Fall dürften die frühesten Siedler trockenen Fußes nach Japan gekommen sein, da das eiszeitliche Japan durch Landbrücken mit dem asiatischen Kontinent verbunden war. Einwanderungen konnten somit aus Südchina, Korea und aus dem Norden (Sachalin) erfolgen.
Nach dem Ende der letzten Eiszeit dürfte es während der ganzen Jomon-Periode keine nennenswerten Einwanderungen gegeben haben. Erst ab der Yayoi-Zeit (ab 300 v. Chr.) sind starke kulturelle Einflüsse vom Festland (China und Korea) spürbar.
Eine weitere Einwanderungswelle wird für den Beginn der Kofun-Periode (ab 300 n. Chr.)vermutet. In den folgenden Jahrhunderten war jedenfalls der Kontakt zum benachbarten Korea sehr eng, und es lassen sich zahlreiche Einwanderer nachweisen, die teilweise als erbetene Gelehrte, Handwerker und Künstler, teilweise als Kriegsflüchtlinge ins Land kamen. Eine letzte große Flüchtlingswelle kam ab 660, nach dem Untergang der koreanischen Königreiche Paekche und Koguryó.
Ein Standesregister aus dem Jahr 815 belegt, daß von den in Zentraljapan ansässigen Adelsfamilien ein Drittel ihre Herkunft auf kontinentale Vorfahren zurückführte.
Nachbemerkung: Die Oberschicht der Reiche Paekche und Koguryó ist ethnisch nicht mit den heutigen Koreanern gleichzusetzen. Vielmehr führten sie ihre Abstammung auf die Fuyü (kor. Puyó) zurück, einem Volk, das um die Zeitenwende in der Mandschurei ansässig war. Bei den Fuyü handelte es sich - anderslautenden Behauptungen in der Literatur zum Trotz - nicht um Tungusen.