Gegen Ende des Dreißigjährigen Krieges auf dem europäischen Festland begann im Mittelmeerraum nach einer längeren friedlichen Zeit ein neuer Krieg. Im Jahr 1644 griffen die Malteserritter einen türkischen Konvoi an, der von Alexandria auf dem Weg nach Konstantinopel war. Die Malteser brachten ihre Beute nach Kreta. Sie hatten auch etliche Mekka-Wallfahrer gefangen genommen. Daraufhin stach im Juni 1645 eine türkische Flotte mit 60.000 osmanischen Soldaten unter Sultan İbrahim I. in Richtung Kreta in See, und kurz darauf bedrohte ein türkisches Heer Dalmatien.
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Sehr bald war die Insel zum größten Teil von den Osmanen besetzt, die stark befestigte Festung Candia hielt jedoch stand.
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Im Frühjahr 1666 begannen die Türken mit dem Großangriff auf das inzwischen zu einer riesigen Festung ausgebaute Candia. Als Kommandant der Landtruppen auf Kreta leitete der Schweizer Hans Rudolf Werdmüller die Abwehrkämpfe. Candia wurde von sieben Forts und dazugehörenden Gräben, Kontereskarpen, einem Labyrinth an gedeckten Wegen, unterirdischen Tunneln und zahllosen Schanzen, Bastionen, Wällen, Kasematten, Kaponnieren, Hornwerken und Ravelins geschützt. Die meisten Anlagen waren unterirdisch miteinander verbunden. Die Werke waren mit Luftziegeln, Holz und Erde gebaut worden. Das war den aus Mitteleuropa angereisten Ingenieuren neu; sie waren an Erdwälle oder an Mauern mit dahinter aufgeschütteter Erde, nicht aber an Hohlbau gewöhnt und lernten hier erst die Widerstandsfähigkeit solcher Deckungen kennen.
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Unter Führung des Hugenotten St. André lernten Festungsbauer und Ingenieure aus vielen Ländern ihr Handwerk. Der deutsche Ingenieur Georg Rimpler trug später (1683) bei der Zweiten Wiener Türkenbelagerung mit diesem Wissen um die Organisation, Technik und Logistik beim Bau einer Festung wesentlich zum Durchhalten der Stadt Wien bei.
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Einen Minenkrieg dieses Ausmaßes hatte es bis dahin noch nicht gegeben, und er blieb bis zum Ersten Weltkrieg einzigartig. Tausende Einwohner Candias und Galeerensklaven gruben sich immer tiefer in die Erde hinein. In der Stadt grub man Tunnel für Horchposten, Konterminen und Gänge zu abgeschnittenen Vorposten. Die Mineure mussten zahlreiche Probleme bewältigen. Die Luftversorgung der arbeitenden und kämpfenden Truppe musste sichergestellt werden, sonst drohten sie am Grubengas oder an einer CO2-Übersättigung zu ersticken; man verwendete dafür überdimensionale Schmiedeblasebälge, mit denen man die Luft über ein Rohrsystem in den Stollen verteilte. Mit Rohren und Pumpen wurde eindringendes Grundwasser herausgeholt. Die Orientierung erfolgte mittels Kompass.
Die Angreifer sprengten sich mit 50–170 Tonnen Pulver durch ganze Mauerabschnitte und Bastionen. Mit Kontraminen versuchte man, die Minen anzugraben, zu sprengen oder unter Wasser zu setzen. Wenn möglich, versuchte man, vor der Sprengung das gegnerische Pulver auszuräumen oder den Explosionsdruck durch einen nahegelegenen Gegenstollen abzuleiten. In den am stärksten belagerten Abschnitten gab es ein mehrstöckiges System von Gängen, Kasematten, Galerien, Tunneln und Minen. Wenn zwei gegnerische Stollen in Verbindung gerieten, kam es dort zu erbitterten Gefechten unter der Erde. Die Mineure erstickten in abgesprengten Stollen, wurden verschüttet, zerquetscht, verbrannten oder ertranken.
