Die frühe Zeit Ägyptens wird wie überall von steinzeitlichen Kulturen bestimmt. Allerdings zählt das Land zu den am frühesten von Menschen bewohnten Gebieten der Erde. Aus Abbasijja bei Kairo wurden frühpaläolithische Funde bekannt, die wahrscheinlich zeitlich vor den ältesten Faustkeilen anzusetzen sind. In den eiszeitlichen Flussterrassen und auf den Höhen beiderseits des Niltals wurden viele alt- und mittelsteinzeitliche Steinwerkzeuge gefunden. Sie zeigen, dass Ägypten schon damals sowohl mit dem übrigen Afrika als auch mit Vorderasien verbunden war.
Jungsteinzeitliche Fundgruppen gibt es erst seit dem 6. Jahrtausend v. Chr., als eine neolithische Feuchtphase die angrenzenden Wüsten zum Teil in Steppen verwandelt hatte. Die älteste bekannte Großsiedlung ist Merimde am westlichen Deltarand. Andere Siedlungen liegen wahrscheinlich tief unter späteren Aufschüttungenverborgen.
Auch im Becken von Al Faijum machte man ähnliche Funde. Sie werden einer Faijumkultur zugeordnet. Anbau von Kulturpflanzen wie Gerste und verschiedenen Weizenarten und Viehhaltung (Schafe, Ziegen, Rinder, Schweine) sind sowohl in Ober- wie in Unterägypten belegt. Die Menschen lebten hier in Dörfern aus runden oder ovalen Schilf-und Strohhütten, die oft zur Hälfte in den Boden eingegraben waren. Die Toten wurden in den Dörfern beigesetzt.
In der zweiten Hälfte des 4. Jtsd. v. Chr. zeigt sich eine Verdichtung der Bevölkerung sowie eine Differenzierung und Verfeinerung der Kultur. Man findet rot-braun bemalte Keramikgefäße mit reichem Bildschmuck wie Schiffe, Standarten, Tiere, tanzende Frauen usw. Auf Gräber und Beigaben wird größere Sorgfalt verwendet und man findet auch Steingefäße aus Diorit und Granit von hoher Perfektion. Ferner sind vereinzelte Handelsbeziehungen zur sich parallel herausbildenden mesopotamischen Hochkultur erkennbar.
Mit der Erfindung der ägyptischen Schrift um 3000 v. Chr beginnt dann die ägyptische Geschichte und zugleich die Vereinigung der "Beiden Länder" von Ober- und Unterägypten unter den legendären Königen Narmer, Aha, Menes usw.