Rassistische Ideologien machten sich den wissenschaftlichen Unterbau der kraniometrischen Theorien zunutze. Schon Campers Arbeit ging in die Rassentheorien des 18. Jahrhunderts ein; seine Winkelmessungen dienten dazu, die Schädel von Nichteuropäern mit Affenschädeln gleichzusetzen. Zuletzt missbrauchte auch die Genozid-Politik des Nationalsozialismus die anthropologische Wissenschaft. Der Gebrauch, den Rassisten und selbst anerkannte Wissenschaftler von kraniometrischen Messungen machten, wurde von Stephen Jay Gould gründlich beschrieben (The Mismeasure of Man, dt. Der falsch vermessene Mensch, 1981).
Im frühen 19. Jahrhundert versuchte Franz Josef Gall, durch die Untersuchung der Schädelformen Erkenntnisse über Charaktereigenschaften von Menschen zu gewinnen. Dieser Ansatz stellte sich jedoch als Irrweg heraus. Die auf Gall zurückgehende Phrenologie trieb Missbrauch der kraniometrischen Daten und wird darum als Pseudowissenschaft angesehen.
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Seit dem Niedergang der Kraniometrie im 20. Jahrhundert sind die meisten Bezeichnungen nicht mehr gebräuchlich. Einige Punkte werden noch in der plastischen Chirurgie benutzt. Die Deutsche Horizontale dient noch als Einstellhilfe für Röntgenaufnahmen und Computertomographien des Kopfes.
Die Verwandtschaftsbeziehungen der Völker werden heute hingegen vor allem mit genetischen Methoden erforscht, zum Beispiel durch die Analyse von Polymorphismen.
