Hexenverfolgungen sind nie widerspruchslos hingenommen worden. Stets gab es Stimmen, die den Hexenglauben oder die Hexenprozesse kritisierten.
Gerade die erste Verfolgungsbewegung stieß auf starken grundsätzlichen Widerstand. Bischof Georg Golser von Brixen erklärte Institorius 1485 für verrückt: "... gantz kindisch sein worden... er wolt vielleicht noch gern in der fraun sachen handeln, ich lass ihn dazue nit chömmen,..." Der Hexenhammer wurde bei der Territorialgerichtsordnung ignoriert, so bei der bambergischen Halsgerichtsordnung von 1508: "Wo aber yemant zauber gebraucht und domit niemant keinen schaden gethan hette, sol sunst gestrafft werden nach gelegenheit der sach ...".
Häufig wurden die Hexenverbrechen sogar gänzlich als unglaubhaft abgetan. So der Hexenflug durch Ulrich Molitor, Konstanz 1489 : "...jnen Phantasey so starck feuerbildel daß sie nicht anders meynen/ dann sehen sie die Leute persoenlich und leiblich."