Während des Nürnberger Kriegsverbrecherprozesses, als die Politik des NS-Regimes öffentlich zur Diskussion stand, war die amtliche Moskauer These nicht länger aufrechtzuerhalten. Wie sehr sich auch das sowjetische Personal bemühte, die Protokolle liessen sich nicht aus den Aussagen der Angeklagten und Zeugen heraushalten. Die Einflussnahmen auf die westliche Seite verhinderten nur Erwähnungen im offiziellen Prozessbericht. In der Presse erschienen jedoch Artikel, die zum Teil sehr genaue Angaben enthielten. Nach Ende des Prozesses wurde sogar der Text des Protokolls vom 23. August 1939 publiziert, dem freilich die amtliche Bestätigung versagt blieb. Im Zeichen des beginnenden Kalten Krieges erwog das Foreign Office in London Anfang 1947 eine Veröffentlichung, doch brachte erst das amerikanische State Department im Januar des folgenden Jahres einen Dokumentenband "Nazi - Soviet Relations" heraus, der unter anderem die geheimen Protokolle vom 23. August und 28. September 1939 enthielt.
Die sowjetische Reaktion war heftig. Die amtliche Nachrichtenagentur TASS publizierte eine umfangreiche Erklärung "Geschichtsfälscher", die später auch als Broschüre erschien. Solange Stalin lebte, waren die deutsch-sowjetischen Vereinbarungen über die Aufteilung Ostmitteleuropas stets ein absolutes Tabu. Die Mitarbeiter des Außenministeriums wurden auf strikte Geheimhaltung verpflichtet, als ihnen die Protokolle im April 1949 zur Aufbewahrung im Archiv übergeben wurden. Unter Khrushchev wurde das Tabu gelockert. Außenminister Gromyko wies 1957 intern darauf hin, die Leugnung der Existenz der Protokolle lasse sich angesichts entgegenstehender Tatsachen kaum aufrechterhalten. In der amtlichen "Geschichte des Großen Vaterländischen Krieges" von 1960 gab es erstmals Andeutungen zu den getroffenen Übereinkünften. Gleichwohl durfte von den Protokollen weiterhin keine Rede sein. Die sowjetischen Historiker hatten daher in internationalen Diskussionen über das Thema regelmässig einen schweren Stand.
Erst unter Gorbachev begannen ernsthafte interne Erörterungen darüber, ob man am bisherigen Standpunkt festhalten solle. Hochrangige Funktionäre (wie insbesondere Aussenminister Shevardnadze und Gorbachevs Berater Aleksandr Jakovlev) und Historiker (wie Vladislav Dashichev und Roi Medvedev) setzten sich dafür ein, die Wahrheit nicht länger zu verschweigen. Schon vorher hatte Aleksandr Nekrich die Vorgänge unverblümt dargestellt - freilich um den Preis, dass seine Werke nur im westlichen Ausland erscheinen konnten. Der Widerstand vonseiten der Vertreter des "alten Denkens" war jedoch ausserordentlich gross. Vor allem die führenden "Germanisty" im Außenministerium, Valentin Falin und Vladimir Semënov, und einschlägig verbundene Historiker wie Lev Bezymenskij bestanden darauf, dass dieses Geheimnis nicht preisgegeben werden könne. Der Öffentlichkeit erklärte man, es seien keine Originale zu finden. Erst 1989 wurden die Dokumente nach zähem internen Ringen "gefunden". Die konservativ-ideologische Seite errichtete bis zum Zusammenbruch der UdSSR 1991 weiterhin Barrieren gegen eine volle Anerkenntnis der Wahrheit. In den russischen Schulbüchern findet sich auch heute noch kaum etwas über die politischen Zusammenhänge des Hitler-Stalin-Pakts.