Ich glaube, das hat eher etwas damit zu tun, dass Du das Reich nicht so recht auffasst.
Philipp wurde damit einfach Reichsfürst und das änderte nichts am Verhältnis der Niederlande/Burgunds zum Reich. Offiziell gehörte Burgund mit der Schaffung der Reichskreise diesen an. Ob das Oberhaupt von Burgund nun in Personalunion König von Spanien war, spielt doch fürs Reich keine Rolle - auch wenn selbst moderne Historiker diese Zusammenhänge durcheinander bringen. Der Landgraf von Hessen konnte ja auch König von Schweden werden ohne dass Hessen dadurch offiziell schwedisch geworden wäre.
Ich sehe diese Teilung des Habsburgerreiches eher als eine pragmatische Lösung an. Burgund hatte vordergründig nicht soviel mit Österreich zu tun und wurde daher Spanien, was ohnehin schon Seemacht war, zugeschlagen. Das schuf zwei Habsburgermächte in zweite Einflusssphären:
Spanien mit der Doppelrolle/-Belastung als maritime und Kolonialmacht
Österreich mit der Doppelrolle als zunehmende Macht im Osten und Anspruch auf die Kaiserkrone als Führungsmacht in Deutschland (was im Prinzip niemand außer vielleicht die Ernestiner, wenn sie sich mal einig gewesen wären, hätte anfechten können).
Bis weit ins 17.Jh. war eigentlich keine tiefere Trennung zwischen Casa Austria in Madrid und Wien vorhanden. Eigentlich wollte man das Riesenreich kollegial beherrschen und auch der Kaisertitel sollte zwischen beiden Linien hin und her gehen - vielleicht war es von daher sinnvoll auch mit Burgund der spanischen Branche einen Fuß im Reich zu lassen (auch wenn der Status als Reichsfürst keine Voraussetzung war um Kaiser zu werden, ohne einen solchen hatte sich Franz I. von Frankreich ja auch Chancen auf die Kaiserwürde ausgerechnet).